|
|
Predikce aktivních míst v proteinech
Kašpárek, Jan ; Tkacz, Ewaryst (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Znalost aktivních míst proteinů a schopnost určit jejich polohu pouze z informace o primární struktuře daného proteinu je dlouhodobým cílem snažení mnoha vědců po celém světě. Tato práce osvětluje význam aktivních míst jako takových a shrnuje pokroky dosažené na poli jejich predikce. Kromě toho je zde představen predikční algoritmus pracující pouze s informacemi z primární struktury proteinů. Jeho základem jsou techniky zpracování signálů. Pro převod na numerický signál je využito veličiny EIIP a další zpracování probíhá pomocí S-transformace. Algoritmus dosahuje senzitivity větší než 60 %, jeho pozitivní prediktivní hodnota přesahuje 50 % a oproti jiným současným metodám vyniká zejména svou rychlostí a jednoduchostí.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Predikce aktivních míst v proteinech
Kašpárek, Jan ; Tkacz, Ewaryst (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Znalost aktivních míst proteinů a schopnost určit jejich polohu pouze z informace o primární struktuře daného proteinu je dlouhodobým cílem snažení mnoha vědců po celém světě. Tato práce osvětluje význam aktivních míst jako takových a shrnuje pokroky dosažené na poli jejich predikce. Kromě toho je zde představen predikční algoritmus pracující pouze s informacemi z primární struktury proteinů. Jeho základem jsou techniky zpracování signálů. Pro převod na numerický signál je využito veličiny EIIP a další zpracování probíhá pomocí S-transformace. Algoritmus dosahuje senzitivity větší než 60 %, jeho pozitivní prediktivní hodnota přesahuje 50 % a oproti jiným současným metodám vyniká zejména svou rychlostí a jednoduchostí.
|
host ::
RSS.